An der Spitze des Bundespräsidialamtes steht - im Range eines Staatssekretärs - der Chef des Amtes.

Der Chef des Bundespräsidialamtes leitet das Amt und ist für die Tätigkeit aller ihm unterstehenden Beamten und Mitarbeiter verantwortlich. Er ist gleichzeitig der erste Berater des Bundespräsidenten.

Um dieser Aufgabe gerade auch im Hinblick auf das Zusammenwirken mit der Bundesregierung gerecht werden zu können, hat der Chef des Bundespräsidialamtes das Recht, an den Sitzungen des Bundeskabinetts teilzunehmen. Bei den Sitzungen des Bundessicherheitsrates kommt ihm Beobachterstatus zu.

Ein wichtiges Instrument zur Koordinierung der Arbeit des Bundespräsidialamtes sind die Lagesitzungen, die der Chef des Bundespräsidialamtes leitet. Bei ihm treffen sich jeden Morgen die Leiterinnen und Leiter der drei Abteilungen, des Kommunikationsstabes und des persönlichen Büros des Bundespräsidenten sowie der Verbindungsoffizier. Sie lassen sich von einem Mitarbeiter des Bundespresseamtes über die Nachrichtenlage informieren und besprechen die den Bundespräsidenten betreffenden Angelegenheiten. Mit den Referatsleitern bespricht der Chef des Bundespräsidialamtes wöchentlich die laufende Arbeit im Amt, um dann seinerseits den Bundespräsidenten zu informieren und zu beraten. Alle Vorlagen, die die Mitarbeiter des Bundespräsidialamtes für den Bundespräsidenten erarbeiten, laufen über den Schreibtisch des Chefs.

Protokollarisch ist der Chef des Bundespräsidialamtes der ranghöchste beamtete Staatssekretär.